Senare på torsdagen försvagades tyfonens styrka något, men rekordstora regn förväntas falla i flera prefekturer de kommande dagarna.
Majoriteten av de mer än fem miljoner människor som uppmanas att evakuera bor på ön Kyushu, men även på flera platser i centrala Japan uppmanas människor att lämna sina hem, skriver BBC.
Enligt Japans meteorologiska byrå JMA förväntas tyfonen fortsätta röra sig över landet och nå huvudstaden Tokyo under helgen eller i början av nästa vecka. Den väntas dock försvagas avsevärt innan dess.
På tisdagen dog tre personer i ett jordskred till följd av det kraftiga regnet inför tyfonens ankomst. En fjärde person bekräftades död på torsdagen efter att taket på ett hus rasat. Ytterligare minst 90 personer har skadats, enligt BBC.
Flera hundra tusen hem sägs ha lämnats utan ström. Hundratals flyg har landat till och från södra Japan, och företag som Toyota och Nissan har stängt fabriker med hänvisning till arbetarnas säkerhet.
Upptäck mer från idag nyheter
Prenumerera för att få de senaste inläggen till din e-post.
